Segunda Grande Guerra Ninja
Vila da Folha e a Vila da Pedra tem sérios desentendimentos, resultando numa guerra entre eles. Aproveitando a guerra, e como forma de vingança por terem matado os pais de Sasori, a Vila da Areia declara guerra a Vila da Folha. Assim acontece a Segunda Grande Guerra Ninja, com as batalhas acontecendo principalmente no País da Chuva, pequeno país que faz fronteira com o País do Fogo, País do Vento e País da Terra.
O Segundo Kazekage conseguiu capturar novamente o Shukaku, Bijuu de Uma Cauda, para usá-lo nas batalhas, mas antes mesmo da guerra acabar o Shukaku consegue fugir de novo. A Vila da Areia começa a passar por graves conflitos após o Kazekage morrer na guerra e sofrer várias baixas, demorando um tempo até escolher o Terceiro Kazekage. Por outro lado, a Vila da Folha sofreu poucas baixas graças a um bom time de ninjas médicos, destacando vários ninjas entre eles o time de Hiruzen Sarutobi (Jiraya, Tsunade e Orochimaru).
Durante a segunda metade da guerra um ninja da Vila da Chuva se destacou no país, Salamandra Hanzou, sendo escolhido para ser o líder da vila. Hanzou declarou guerra a Vila da Folha e em uma grande batalha final entre vários ninjas das duas Vilas os únicos sobreviventes são Hanzou e três ninjas da Folha, Jiraya, Tsunade e Orochimaru. Hanzou os parabeniza por serem fortes e terem sobrevivido a guerra, nomeando-os de Três Lendários da Vila da Folha, e desiste da guerra.
Com o fim da guerra, na volta para a vila os Três Lendários da Vila da Folha encontram três crianças órfãs da Vila da Chuva: Yahiko, Konan e Nagato. Jiraya decide ficar e cuidar delas até que estejam fortes o suficiente para serem ninjas, descobrindo posteriormente que Nagato possuia o Rinnegan, a técnica ocular mais poderosa, a mesma técnica que o Eremita dos Seis Caminhos possuía. Alguns anos após Jiraya deixar a Vila, os três fundam uma gangue para promover a paz na Vila da Chuva sem usar de violência. Hanzou considerou que isso poderia ser uma ameaça a sua liderança da vila, e com uma aliança secreta com Danzou da Vila da Folha, faz uma armadilha para a gangue de Nagato, matando Yahiko no processo e despertando o poder do Rinnegan de Nagato. Nagato derrota os ninjas da Chuva e da Folha e Hanzou foge. Nagato assume a identidade de Pain e juntamente com Tobi (sua identidade é secreta, mas na verdade ele é Obito) cria a Akatsuki, com o objetivo de reunir dinheiro e todos os bijuus e controlar o mundo ninja. Apesar de Tobi ser um dos fundadores, sua participação na Akatsuki se mantém em segredo. Pain lidera então uma facção em uma guerra civil na Vila da Chuva, até que consegue matar Hanzou e se torna o novo líder da Vila da Chuva.
Orochimaru, um dos Três Lendários da Vila da Folha, começa a fazer experimentos para ficar mais forte e desenvolver novos jutsus, entre eles um jutsu da imortalidade que permitiria transferir sua alma para um novo corpo. Para isso mata e usa os habitantes da Vila da Folha para experimentos em humanos, tomando o cuidado de não ser descoberto. O Terceiro Hokage desvenda suas atividades mas ao invés de matá-lo apenas o expulsa da Vila. Orochimaru então entra para a Akatsuki, formando dupla com Sasori (nukenin da Vila da Areia), sendo seu mais importante feito a captura do Bijuu de Sete Caudas junto com Sasori.
Ao saber que a Akatsuki está caçando e selando os Bijuus, o Terceiro Kazekage, mesmo não querendo, se vê obrigado a caçar e selar o Shukaku, para que a Akatsuki não o capture. Ele o sela, e baseando-se nas técnicas do jinchuuriki cria uma técnica própria para controlar a areia de ferro. Ter essa habilidade atraiu o interesse da Akatsuki, que o convidou a entrar na organização e entregar para Pain o Bijuu de Uma Cauda. Ao se negar a fazê-lo, e sem o conhecimento da Vila, o Kazekage enfrenta um dos membros da Akatsuki, Sasori, morrendo no processo e tendo seu corpo transformado em marionete.
A Vila Oculta da Areia, sem saber o que aconteceu com o Terceiro Kazekage, e suspeitando que isso fosse obra de algum dos outros grandes países ninja, declara guerra dando início a Terceira Grande Guerra Ninja. Na guerra muitos ninjas da Vila da Folha ganharam fama, como Minato Namikaze, Kakashi Hatake e Itachi Uchiha, e por outro lado sofre poucas mas importantes perdas como a de Sakumo Hatake, o Canino Branco. A Vila da Areia sofre ainda mais baixas que na última Grande Guerra Ninja, e ao descobrir que a morte do Kazekage não foi causada pelos outros países, interrompe a guerra e faz um acordo de paz com a Vila da Folha. Após a guerra a Vila da Areia elege o Quarto Kazekage, conseguindo com ele capturar definitivamente o Shukaku, Bijuu de Uma Cauda, selando-o em seu filho, Gaara.
Na Vila da Folha, Kushina Uzumaki, 2ª Jinchuuriki do Bijuu de Nove Caudas e esposa de Minato, atual Quarto Hokage, está prestes a dar a luz ao seu filho, Naruto Uzumaki. Tobi aproveita o momento de fragilidade do seu corpo ao dar a luz para libertar o Bijuu e, usando seu Sharingan, comandá-la para atacar a Vila da Folha. Os ninjas da Vila da Folha tentam deter o Bijuu e muitos morrem, até que Minato usa um jutsu para selar o Bijuu em seu filho, Naruto, morrendo no processo. Com a morte o Terceiro Hokage, Hiruzen Sarutobi, volta a liderar a vila. Percebendo que os Uchihas poderiam controlar os bijuus e temendo que eles novamente atacassem a Vila da Folha com um bijuu, os líderes da Vila da Folha fazem com que Itachi Uchiha, o prodígio do clã Uchiha, mate todas as pessoas do clã e fuga, e depois colocam toda a culpa em Itachi fazendo-o ser um ninja procurado.
Itachi sai da vila e entra para a Akatsuki. Orochimaru, ao perceber o poder do Itachi, o cobiça e planeja um modo de roubar os olhos de Itachi para si. Quando os dois finalmente lutam, Itachi o derrota. Ao ver que nunca superará Itachi, Orochimaru sai da organização e funda a Vila Oculta do Som para usá-la como camuflagem para um esconderijo seu, e continua suas experiências para desenvolver novos jutsus.
Orochimaru enfrenta em segredo e derrota o Quarto Kazekage, usando-o como disfarce para fazer a Vila da Areia criar uma aliança com a Vila do Som para invadir a Vila da Folha. Durantes o Exame Chunin, realizado duas vezes por ano, Orochimaru coloca o Selo Amaldiçoado em Sasuke, fazendo com que a Vila da Folha descubra o envolvimento de Orochimaru mas o plano se realiza mesmo com a Vila já alertada para um possível ataque. Ninjas do Som e da Areia atacam a Vila. Orochimaru enfrenta o Terceiro Hokage e o mata mas perde o uso de seus braços na batalha e com isso não pode mais usar nenhum jutsu, fugindo e abandonando o ataque. Gaara, Jinchuuriki do Bijuu de Uma Cauda, enfrenta Sasuke e Naruto, Jinchuuriki do Bijuu de Nove Caudas, sendo derrotado. Na batalha Naruto consegue influenciar positivamente Gaara, que sai da batalha mudado e deixa de ser frio e cheio de ódio pelas pessoas. Sendo revelado que o Quarto Kazekage era o Orochimaru camuflado, a Vila da Areia se rende e com a ajuda da Vila da Folha encontram o corpo do Quarto Kazekage.
Com o Hokage morto, A Vila da Folha pede a Jiraya para ser o novo Hokage, porém se recusa e diz ofertar o cargo à ((Tsunade)), outra Sannin lendária como ele e Orochimaru, e neta do Primeiro Hogake Hashirama, então, Jiraya e Naruto partem em busca para trazê-la a vila para ser a Hokage. No processo eles enfrentam Itachi e Kisame, da Akatsuki, que desejavam capturar Naruto e a Kyuubi. Sasuke também participa da batalha, mas é atingido por um Genjustu de Itachi e fica em coma. Ao perceberem que não conseguiriam capturar Naruto, Itachi e Kisame fogem. Jiraya e Naruto finalmente encontram Tsunade mas encontram também Orochimaru que desejava convencer Tsunade a curar seus braços. Jiraya e Tsunade enfrentam e derrotam Orochimaru, que foge, e Tsunade é nomeada Quinta Hokage.
Orochimaru deseja trazer Sasuke para seu lado para transferir sua alma para o corpo de Sasuke e assim envia o Quarteto do Som para a Vila da Folha. Lá eles encontram um Sasuke com dúvidas sobre sua força e a capacidade da Vila de torná-lo mais forte. Com a demonstração do poder do Selo o Quarteto convence Sasuke de ir com eles. Alguns ninjas da Vila da Folha tentam segui-los e os enfrentam um a um. No fim Sasuke enfrenta Naruto e o derrota, saindo assim para encontrar Orochimaru. Pelo atraso de Sasuke, Orochimaru precisou trocar de corpo antes que morresse, e após a troca não poderia mudar novamente por alguns anos. Assim Orochimaru passa a treinar Sasuke preparando seu corpo para quando fosse possuí-lo. Naruto, que também deseja se tornar mais forte para trazer Sasuke de volta e não perder mais nenhum amigo, sai em uma jornada de treinamento com Jiraya