Durante três anos os Três Lendários treinam seus discípulos (Jiraya e Naruto, Tsunade e Sakura, Orochimaru e Sasuke), e nesse meio tempo a Vila da Areia escolhe Gaara para ser o Quinto Kazekage.

Deidara e Sasori, da Akatsuki invadem a Vila da Areia e capturam Gaara. Ninjas da Vila Folha (incluindo Naruto e Sakura) e da Vila da Areia tentam impedir a extração do Bijuu mas não conseguem. Na batalha Sasori morre e Deidara foge. Gaara morre na extração, mas é revivido pela Chiyo com a ajuda de Naruto, e se mantém como Quinto Kazekage. Um tempo depois, a dupla da Akatsuki Hidan e Kakuzu capturam o Bijuu de Duas Caudas. Logo depois seguem para o País do Fogo onde destroem o Templo do Fogo e depois matam Asuma. Num segundo combate contra os ninjas da Folha, a dupla é derrotada. Na Akatsuki, Deidara é apresentado a um novo membro da organização que ficará no lugar de Sasori, Tobi, um membro novato, e a nova dupla captura o Bijuu de Três Caudas. Kisame Hoshigaki captura o Bijuu de Quatro Caudas, e ao ver Tobi reconhece a sua verdadeira identidade, e Madara assume oficialmente o posto de líder da Akatsuki. Com isso a Akatsuki já capturou seis bijuus faltando apenas três.

Após todo o treinamento, Sasuke se torna um poderoso ninja. Orochimaru, quando chega o momento que a restrição de tempo para a troca de corpo acaba, decide finalmente ter a batalha final contra Sasuke para tomar seu corpo, mas Sasuke o vence, matando-o. Kabuto, que acompanhou a batalha, sela em seu corpo os restos mortais e o espírito de Orochimaru assim que tem a chance. Livre da supervisão de Orochimaru, Sasuke monta seu próprio time e vai atrás de Itachi para realizar sua vingança. Porém antes de encontrar Itachi ele enfrenta e mata Deidara. Finalmente Sasuke encontra Itachi, e em uma luta disputada ele o derrota, com Itachi no final dando seu poder para Sasuke. Tobi, da Akatsuki, aparece para pegar os olhos de Itachi e captura Sasuke revelando para ele a verdade sobre Itachi e o extermínio do clã. Convencido, Sasuke se alia a Akatsuki.

Com a ameaça da Akatsuki aumentando cada vez mais ao capturar os Bijuus, Jiraya reúne informações sobre o líder da organização e descobre que ele está na Vila da Chuva. Jiraya se infilta na Vila em busca de mais informações e acaba enfrentando o líder, Pain, que Jiraya posteriormente reconhece como sendo Nagato, seu ex-aluno da Vila da Chuva. Na batalha Jiraya morre mas consegue enviar para a Vila da Folha pistas sobre os poderes de Pain. Ao saber da morte de Jiraya e o ataque iminente de Pain, Naruto começa seu treinamento Senin.

Pain captura o Bijuu de sete caudas, e recebe a informação de que Sasuke capturou o Bijuu de oito caudas, sem saber que este havia escapado. Como só faltaria o Bijuu 9, Pain se apressa para invadir a Vila da Folha antes que eles descubram mais sobre seus poderes. Na invasão à Vila da Folha, Pain derrota muitos dos ninjas da Folha e destrói o vilarejo, até que Naruto chega e usando seu Chakra Sanin o derrota, convencendo-o que seu modo de trazer a paz estava errado. Pain então ressuscita os ninjas mortos e morre no processo.(porque usou todo seu chackra e sua energia vital)

[editar] Quarta Grande Guerra Ninja

Raikage, líder da Vila da Nuvem do País do Trovão, recebe a notícia da captura do Hachibi por Sasuke e a Akatsuki. Considerando que a vila já teve um outro bijuu capturado pela Akatsuki, o Nibi, Raikage convoca uma reunião com todos os Kages para decidir como lidarão com a Akatsuki. Com a Tsunade em coma após a invasão de Pain os líderes da Vila da Folha escolhem Danzou para ser o Sexto Hokage temporário e participar da reunião dos Kages. A reunião é interrompida por Sasuke e Tobi. Sasuke enfrenta primeiro Raikage, e depois enfrenta os cinco Kages, sendo derrotado e salvo por Tobi, que revela ser Madara Uchiha revelando também seu objetivo final: reunir os Nove Bijuus com o último pedaço do Juubi que está na lua, reconstruindo o Juubi e tornando-se o seu Jinchuuriki. Com isso poderá ampliar o poder do seu Sharingan e usar a Lua para aplicar um Genjutsu no mundo todo, controlando todo o mundo ninja. Madara demanda que os Kages lhe entreguem o Hachibi e a Kyuubi, e como os kages recusam Madara declara o início da Quarta Grande Guerra Ninja. Logo mais é descoberto que Tobi não é Madara! E o verdadeiro Madara encontra-se morto. E quem se esconde por traz da mascara com o nome de Tobi, nada mais é do que Obito